没有经过腐熟的粪便直接施入土壤内，由于粪便中含有未消化吸收完全的蛋白质、脂肪、纤维素等养分以及大量的水，因此为细菌繁殖提供了极好的条件，其现象，就是我们常说的发酵，即腐熟腐败过程(有机肥转换成可以被植物所吸收利用的无机物的过程)。而无论是有氧发酵还是无氧发酵，均会产生很高的热量(我们堆肥过程中最高可达到75摄氏度)，这样的高温下，植物根系根本无法承受，就会出现我们所说的“烧根”。微生物参与发酵而大量活动，消耗氧气，造成土壤缺氧，将会致使生长较弱的作物死亡。粪便中含有大量病菌、毒素和寄生虫卵，如果未经腐熟而直接施用，会污染蔬菜，易造成病从口入，增加土壤产生病害、虫害的风险。
没有腐熟的粪便在土壤中发酵，争夺土壤原有的氮素养分，造成土壤微环境内瞬时缺氮，影响种苗生长。未腐熟的畜禽粪便在腐烂过程中会产生大量的硫化氢等有害气体，易使蔬菜种子缺氧窒息。 粪便中含有大量的尿酸，未经腐熟转化，直接接触种苗，将会抑制种苗生长。
