EM在水产的处理方式有下列几种:
清理水池
在放干水池的水后洒上熟石灰，曝晒两天以上。
完成曝晒后，每一分地大的池子使用20公升之EM活性液稀释20倍，平均喷洒在池底和池壁上，五天后可进水。
进水时加入EM活性液
在进水时每一分地之地(1.5公尺深之池)加入150公升之EM活性液。
倒入时最好在进水口附近倒入，以免混合不均匀。
定期在水中添加EM活性液
每三日在每一分地大之池中加入1~3公升之EM活性液。
在饲料中添加EM活性液
如以100公斤的饲料来说的话，将5公升之EM活性液加5公升之水，混合后再将溶液和饲料混合均匀，放置20分钟后再喂食。
水质过于混浊时
在水质太差时，可以一次倒入40公升之EM活性液。
百益宝EM原液由乳酸菌、光合细菌、放线菌、酵母菌、等80多种微生物复合而成，已经形成稳定组成的有益菌集团，产生效果快，对鱼温和无刺激。
具体使用方法：
一、浸泡饲 料。鱼场可以用井水稀释10倍拌饲料喂鱼，高温季节换水频率可以减少1/3，大大减轻工作强度和换水对鱼的应激。家用不必稀释，直接用百益宝EM原液浸泡 10分钟后喂鱼（治疗肠炎浸泡20分钟后喂鱼）。用后粪便颜色变浅、甚至透明都是正常的，主要是里面的营养被微生物吸收的原因。
饲料要选 用熟化饲料，不使用化学粘合剂，有多孔的结构便于EM吸附且浸泡后不会散失坏水，普通饲料大多采用化学粘合剂（多聚脲甲醛），浸泡后粘合剂溶解，饲料就散
架会污染水质。熟化饲料与普通饲料简单判定：用开水浸泡10分钟，形状完整的是熟化饲料，散架的是普通粘合剂饲料。
二、水体里面使用方法：
1、第一次可以按（50毫升/立方水体）浓度迅速达到优势种，以后定期补充：一般一周添加（20毫升/立方水体）。如果鱼的密度不高，甚至无需过滤，每天吸污定期补水即可。最好新水开始使用，老水里面有其他杂菌。
2、过滤水流不要过大，过滤棉不要太密，防止有益菌被滤掉。
3、增加几个水妖精，使EM有栖息之所。
4、 鱼场一般每亩用2-5公斤百益宝EM原液（视水深浅及水质好坏而定）。如果用红糖等物质先活化，可以降低百益宝EM原液成本。具体方法：百益宝EM原液： 红糖：井水＝1:1:40，充氧8小时，现做即用。如果水质较差可用部分原液加5%水塘水进行驯化处理，使EM菌更好的适应当地的水质。 稳定后水的颜色：在透明的鱼缸观察，水体的颜色是有光泽的很浅的黄色，极透明清澈，有类似色拉油的光亮。不用担心“水清则无鱼”，其实水并不清，充满了有
益的微生物，占据了水体的空间和营养，有害微生物难以生存发展，真正做到预防为主。EM应用得好，可以少换水或长时间不用换水，鱼的体色鲜艳。
三、注意事项：
1、如果鱼不正常、大换水后、刚从外地买来等环境剧烈变化的情况暂时不要使用。因为EM原液的加入同样会造成水环境中理化因子的更大的突变（其中的乳酸会使PH值降低），用了可能会加重病情。
2、不要与硝化细菌一起使用，虽然都是有益菌，也会相互竞争，影响效果。
3、此外日光照射强了容易引发绿藻繁殖，抑制EM菌发展起作用。 EM在水体使用，还可以有效治疗鳃病，因EM菌喜欢富集在鳃组织。
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